飲用水源水體中的有機污染物成分復雜，種類繁多，而且分布廣，具有多個污染源。當前，對其污染物的監測方法主要有：氣相色譜法，液相色譜法，離子色譜法，分光光度法以及熒光光譜法。其中前3種運用較多。
1、氣相色譜-質譜聯用技術
運用氣相色譜進行監測的時候，通常與質譜聯用，統稱氣相色譜-質譜技術。氣相色譜的原理是利用不同組分的物質在固-液2相中不同的吸附系數或者分配比例，色譜柱有一個前后次序，從而物質分離。其后的質譜可以對檢測的物質知道分子量，并進行逐一的驗證和鑒定。這種方法可以對多組分進行同時分析，效率高，選擇性好，具備靈敏性。對水體中的痕量農藥、烴類物質和聯苯多氯類等有機物有良好的檢測效果，并且該法在水體污染物監控中使用較廣。用氣相色譜-質譜法對飲用水處理過程中的二甲基亞硝胺進行了分析和檢測，探討了該物質在氧化時候的形成機理。水體中的氯均三嗪等物質的檢測和解決一直是課題攻關的難題。氣相色譜-質譜對活性炭處理之后的水體中的檢測精度可以達到0.01&mu；g/L，從而解決了這個問題。
2、液相色譜-質譜技術
該項技術也叫液質聯用，以液相色譜做分離系統，利用經過色譜柱的流動相各組分在固定相上的吸附、親和能力不同從而分開，然后經過質譜分析知道物質的分子量、自身結構和種類。和氣相色譜一樣，液相色譜-質譜技術在有機污染物的檢測方面也是應用廣。趙余利等對飲用水中含有的氯代苯系物和溴代苯系物通過液質聯用進行檢測。結果顯示該法有良好的靈敏度，對飲用水源地水消毒過程中產生的氯化副產物提供了借鑒意義與有用的信息。對于地表水中殘留的農藥或者其它藥物成分的殘余，可以先通過固相萃取富集相應的污染物，然后通過液相色譜-質譜進行定量分析，對痕量物質的質量濃度在0.01～0.02&mu；g/L范圍內就可以檢測。
3、離子色譜-質譜技術
離子色譜是液相色譜的一種方法，可以對陰離子和陽離子進行分析，所以適用于水體中的金屬離子或者高氯酸離子等有機物的檢測。離子色譜的分離方式主要有3種：離子對色譜、離子排斥色譜和離子交換色譜。它們的分離機理又各不相同。離子對主要是基于吸附和形成離子對；其余2種分別是基于離子排斥和交換。離子色譜的檢測器可以分為電化學和光學檢測器。與質譜分析聯用之后，可以增加定性和定量分析的準確性以及靈敏度。該法對飲用水中含有的生物胺、有機酸和有機離子等痕量物質的檢測具有好的效果。運用離子色譜和電噴霧離子化質譜聯用測定飲用水中的高氯酸鹽濃度，檢測區間可以達到4ng/L。色譜和質譜的聯用實現了2者互補，對水體中的多種組分構成的混合物是一個有用的檢測工具，并且可以分離，定性和定量分析混為一體。但是飲用水中還含有一些熱穩定性不夠的有機物質，色譜檢測已經不能發揮作用，一些新興的方法方興未艾。
4、其它新型檢測方法
一些水體中的病毒和細菌很難通過色譜分析的方法定性檢測。水中的藍藻會產生微囊藻毒素，采用液相和紫外光譜結合的方法在測定含量的同時也進行了該物質的氧化特性研究。有機砷化合物也是一種難檢測并且易清理的一種物質，采用新式的誘導耦合等離子體質譜分析和X光衍射，測試了它在水體中的質量濃度含量。應該說，每種檢測方法都有自身的優缺點。不同物質其種類和性質不一樣，檢測手段不盡相同，而且對于不同的濃度，色譜和質譜檢測的條件要進行調整。面對日益復雜的水環境，多種方法結合可以達到檢測的目的，但是隨之而來的投資成本就相應地變高。對于新興的方法，相對而言，可以檢測的物質比較單一，很難有很廣的推廣和運用。對于飲用水水源中的有害物質的檢測方法仍然處于不斷的研究和探討階段。
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